او نه‌تنها به‌عنوان یک فقیه و اصولی بزرگ در دنیای اسلام شناخته می‌شود، بلکه به‌عنوان یک متفکر اجتماعی، فرهنگی و سیاسی نیز در میان مسلمانان جایگاه ویژه‌ای دارد. فعالیت‌های علمی و فرهنگی او در زمینه‌های مختلف، به‌ویژه نوآوری‌های او در علوم اسلامی، تأثیرات عمیق و ماندگاری بر اندیشه‌های اسلامی و فقه شیعه گذاشته است.
نبوغ شهیدصدر از همان کودکی خود را نشان داد. می‌گویند وقتی او به سن 10-11 سالگی رسید، دو گرایش در خانواده نسبت به ادامه تحصیل او وجود داشت که هرکدام از این انتخاب‌ها آینده او را به سمتی متفاوت می‌کشاند. از یک طرف مادرش او را تشویق می‌کرد در حوزه درس بخواند و زندگی طلبگی را انتخاب کند و از طرف دیگر مرحوم سیدمحمد صدر به او پیشنهاد می‌داد مسیری را انتخاب کند که دنیای او را تأمین کند و از زندگی حوزوی و فقر آن دور باشد.
آیت‌الله صدر نویسنده‌ای پُرکار و مؤثر بود که آثار فراوانی در زمینه‌های مختلف علوم اسلامی تألیف کرد. او در این آثار به تحلیل عمیق مبانی فقهی و اصولی پرداخته و سعی کرده است تا با استفاده از روش‌های نوین، به تبیین مسائل پیچیده فقهی بپردازد.
آیت‌الله سیدمحمدباقر صدر در اغلب رشته‌های علوم اسلامی تبحر داشت. وی معتقد بود که باید در دروس حوزه‌های علمیه تحولی پدید آید و طلاب و روحانیون نباید فقط به درس‌های معمول فقه و اصول اکتفا کنند، بلکه باید با مسائل علمی، فرهنگی، سیاسی، اجتماعی و اقتصادی جدید آشنا شوند. به نظر وی کتاب‌های درسی موسوم در حوزه‌ها به‌ویژه در مبحث فقه و اصول، پیچیده و ناهماهنگ با شرایط روز بوده و به شیوه قدیمی‌ است. در این کتاب‌ها مسائلی مطرح شده که امروزه به کلی منسوخ و متروک است و در این زمینه دست به تألیفاتی زد که ضمن ساده‌نویسی مطالب کتاب‌های قدیمی، آن‌ها را در طرحی نو و روشی جدید برای طلاب فقه و اصول به نگارش درآورد و بدین‌وسیله توانست تحول عظیمی در حوزه‌های علمیه به‌وجود آورد.
* نوآوری در فقه و اصول
آیت‌الله صدر به‌عنوان یک فقیه نوآور، تأکید زیادی بر نیاز به بازنگری و نوآوری در فقه و اصول داشت. او باور داشت که فقه باید با زمان و نیازهای روز جامعه هماهنگ باشد و به همین دلیل به بررسی و تحلیل مسائل جدید اجتماعی و فرهنگی پرداخت.
ریشه‌یابی مباحث، محور دیگر خلاقیت این عالم برجسته در علم اصول است. در اینجا منظور توجه و تمرکز شهیدصدر بر پاره‌ای مباحث زیربنایی بوده که آثار آن در مواضع دیگری از علم اصول آشکار می‌شود؛ درحالی که اهل علم اصول این‌گونه مباحث را به‌طور ضمنی و پراکنده مورد نظر قرار می‌دادند و هیچ‌گاه نگاه مستقل، خاص و بحثی متمرکز و منسجم راجع به آن‌ها نداشتند.
در کار آیت‌الله سیدمحمدباقر صدر توجه به مباحث زیربنایی که همچون اصولی برای برخی قواعد اصولی دیگر هستند، محصول تقسیم‌بندی و عنوان‌بندی خوب برای مباحث و پیدا شدن جاهای خالی جهت بحث در نظام قواعد اصولی است. ازاین‌رو پس از آنکه شهیدصدر شکل سنتی مباحث را در مرحله خارج دنبال کرد، به هنگام تألیف حلقات الاصول به فکر ایجاد مباحث تمهیدی درباره ماهیت حکم شرعی و اقسام و احکام آن افتاد و در این باب از قاعده اشتراک، تفاوت حکم ظاهری و واقعی، تفاوت میان دو دسته از ادله احکام، یعنی امارات و اصول، مبادی احکام تکلیفی، تفاوت احکام تکلیفی و وضعی، تخطئه و تصویب، تضاد میان احکام تکلیفی، تنافی میان احکام ظاهری، تفاوت میان قضیه خارجیه و قضیه حقیقیه در جعل حکم و تعلق حکم به عناوین ذهنی، بحث و گفت‌وگو کرد تا بعدها از مبنای مختار خود در مباحث تابعه و به‌خصوص مباحث دلیل عقلی غیر مستقل بهره‌مند شود.
نظریه‌پردازی‌های اصولی دیگر خلاقیت ایشان در علم اصول است، یکی از نوآوری‌های او در زمینه فقه، ارائه تفسیرهای جدید از مفاهیم سنتی فقهی بود؛ او به بررسی موضوعاتی چون حق‌الطاعة پرداخت.
نظریه حق‌الطاعة در مقابل قبح عقاب بلابیان، نظریه‌ای است اصولی که با نام شهیدصدر توأم گشته است. گرچه در محافل علمی حوزه شنیده می‌شود بزرگانی نظیر مرحوم آیت‌الله سیدمحمد محقق داماد قبلاً این نظریه را پذیرفته و بدان ملتزم شده‌اند، اما در هر حال تبیین دقیق این نظریه و دفاع تمام از آن در مقابل نظریه مخالف یعنی «قبح عقاب بلابیان»، از برکات و آثار شهیدصدر است. شهیدصدر هم در «حلقات‌الاصول» و هم در بحث‌های عالی خارج اصول که در تقریراتشان منعکس شده است، این نظریه را مطرح و به‌خوبی بیان کرده‌اند؛ برخی از شاگردان ایشان هم در تعمیق این بحث کوشیده‌اند.
آیت‌الله صدر همچنین بر اهمیت اصول فقه و روش‌های استنباط تأکید داشت و به دنبال ارائه روش‌های جدیدی برای استنباط احکام شرعی بود. او معتقد بود که باید از روش‌های علمی و منطقی برای فهم بهتر متون دینی استفاده کرد و این رویکرد به طلاب این امکان را می‌دهد تا به چالش‌های جدید با نگاهی نو پاسخ دهند.
* تأسیس مدرسه علوم اسلامی
گام دیگری که در راستای ایجاد تغییر در شرایط حوزه برداشته شد، تلاش فراوان شهیدصدر برای تأسیس مدرسه علوم اسلامی بود که آیت‌الله سیدحکیم به آن اشراف و نظارت داشت. این مدرسه نخستین تلاش جدی به‌منظور سامان‌دهی وضعیت درسی حوزه و نخستین گام به‌ سوی شیوه «مرحله‌بندی دروس حوزوی» به‌شمار می‌رفت. در هر حال نه جماعة‌العلماء و نه مدرسه علوم اسلامی (الدوره) هیچ‌کدام در مقابل مخالفت‌های شدید گروه‌هایی که این نوع نوآوری را دوست نداشتند، دوام نیاوردند. شاید نامه‌هایی که شهیدصدر به سیدمحمدباقر حکیم نوشته، به‌خوبی نشان بدهد که شهیدصدر تا چه حد از دست این افراد و امثال آن‌ها رنج کشید. شایان ذکر است که شهیدصدر در این دوره یکی از آثار شگفت‌انگیز فکری خود یعنی کتاب «فلسفتنا» را به رشته تحریر درآورد. شهید صدر در این کتاب به مهم‌ترین نیازهای فکری جهان اسلام پاسخ داده و با اندیشه الحادی مارکسیسم مبارزه کرده است؛ اندیشه‌ای که آن زمان بر بلوک شرق سلطه پیدا کرده بود. این‌ها مهم‌ترین فعالیت‌هایی بود که شهیدصدر براساس طرح همه‌جانبه‌اش در مرحله قبل از برعهده‌ گرفتن مرجعیت، انجام داد.