در همسایگی سلول‌هایی که بدن مارا تشکیل می‌دهند، تریلیون‌ها موجود میکروسکوپی دیگر نیز وجود دارد. این موجودات تنها شامل باکتری‌های مفیدی که در روده ما به هم غذا کمک می‌کنند، نمی‌شوند. باکتری‌ها روی پوست و درون دهان ما و وزن زندگی می‌کنند، همچنین این موجودات تنها شامل باکتری‌ها نمی‌شوند، ما با جمعیتی شامل ویروس‌ها، قارچ‌ها و همچنین آرکئه باکتری‌ها هم خانه هستیم.

تشکیل این کلنی (سلول‌های ما+ باکتری‌ها+ ویروس‌ها + قارچ‌ها) چه زمانی شروع می‌شود؟ بیشتر دانشمندان معتقدند که اولین باکتری‌ها هنگام تولد و قبل از اینکه جنین در یک محیط استریل رشد کند وارد بدن ما می‌شود، اما اخیرا برخی از مطالعات نشان داده است که آثاری از DNA باکتریایی درون جفت و مایع آمنیوم که اطراف جنین را گرفته است و همچنین در مکونیوم (اولین مدفوع نوزاد) وجود دارد.

آیا نتیجه این مطالعات می‌تواند شاهدی بر زندگی باکتری‌ها با ما قبل از تولد باشد؟ شاید، اما تعدادی از دانشمندان معتقدند این یافته‌ها می‌توانند به علت آلودگی‌ها (که در طول تحقیقات وجود دارد) باشد و مباحث در این خصوص همچنان ادامه دارد! پاسخ هرچه باشد، همه متفق القول هستند که اولین کلنی سازی عمده در هنگام و بلا فاصله بعد از تولد رخ می‌دهد. کودکانی که از طریق زایمان طبیعی به دنیا می‌آیند، هنگام عبور از مجرای زایمان (واژن) مقداری از باکتری‌های مادر خود را دریافت می‌کنند.

بعد از تولد، کودک تعداد بیشتری میکروب از طریق هوا اشیا و افرادی که در اطراف وی هستند کسب می‌کند و در طول رشد، عوامل زیادی شامل رژیم غذایی، دریافت یا عدم دریافت آنتی بیوتیک و داروهای دیگر. میران تعامل کودک با مردم آستن حیوان خانگی، محل زنگی و به طور بالقوه‌ای نحوه آرایش ژن‌ها بر نحوه قرارگیری میکروبیوتا موثر است. کودکانی که در محیط‌های روستایی با حیوانات و خاک زندگی می‌کنند، میزبان مجموعه‌های میکروبی متفاوتی از کودکانی هستند که در محیط‌های شهری بزرگ می‌شوند.

به نظر می‌رسد اگر کودکان در معرض طیف وسیعی از انواع میکروب‌ها قرار نگیرند. از شانس بیشتری برای پیشرفت بیماری‌های خود ایمنی و آلرژیک مانند آسم و اگزما برخوردار هستند. این مسئله یک فرضیه بهداشتی قلمداد می‌شود و این یک مثال از چگونگی تاثیر میکروبیوتا بر سلامتی ما در سراسر زندگی ما است. دربزرگسالی، بدن ما اندازه سلول‌های انسانی، بیشتر دارای موجودات میکروسکوپی است.

فیزیولوژی بدن ما بر اساس این مجموعه‌ها (سلول‌های بدن+ میکروب ها) استوار است. برای مثال آن‌ها مارا دربرابر باکتری‌های مضر محافظت می‌کنند و به ما در هضم غذا کمک می‌کنند. همانطور که میکروب‌ها غذا را تجزیه می‌کنند، ملکول‌هایی نیز تولید می‌کنند که متابولیت نام دارند که این مواد با گردش خون به همه‌ی بافت‌های ما می‌رسند و به این نحو بر متابولیسم بدن ما اثر میگذارند. تنوع گروه‌های میکروبی در روده در سلامتی متابولیسم دخیل است. تنوع کم در میکروبیوتا با بیماری التهاب روده، چاقی و دیابت نوع 2 مرتبط است.

برخی از تحقیقات حتی به این موضوع که متابولیت‌های میکروبی می‌تواند بر مغز و سلامت ذهنی تاثیر بگذارد، اشاره می‌کند. همینطور که ما پیرتر می‌شویم، میکروبیوتا به تغییر ادامه می‌دهند. 

مطالعات نشان می‌دهد که میکروبیوت‌های روده افراد پیر با نیکروبیوت‌های روده جوانان بالغ متفاوت است و به طور بالقوه افزایش سن با سیستم ایمنی بدن و عملکرد مغز در ارتباط است. همچنان چیزهای زیادی در خصوص تاثیر میکروارگانیسم‌هایی که با ما زندگی می‌کنند بر تندرستی و سلامتی ما برای یادگرفتن وجود دارد.

ما در خصوص اینکه چرا میکروب‌ها بین انسان‌ها متفاوت هستند و این تفاوت‌ها چه تاثیری بر زیست شناسی دارند احتیاج به درک بهتری داریم. ما نیاز به مطالعه بیشتر در رابطه با میکروبیوم‌ها در وضعیتی که خارج از جمعیت‌ها و مکان‌های رسمی از جهان هستند، داریم. آنچه که به روشنی مشخص است این است که بدون میکروب‌ها ما نمی‌توانستیم زنده باشیم.