مثل سایر داروها، استفاده از ملاتونین باید تحت نظارت یک پزشک با تجربه در درمان اختلالات خواب باشد. عوارض جانبی رایج مرتبط با مصرف آن می‌تواند شامل سردرد، سرگیجه، حالت تهوع و خواب‌آلودگی باشد.  در موارد کمتر می‌تواند باعث افسردگی، اضطراب، سردرگمی و بی‌نظمی شود.
همچنین می‌تواند منجر به تداخلات بالقوه خطرناک با طیف گسترده‌ای از داروها از جمله داروهای کنترل فشار خون و دیابت، داروهای جلوگیری از بارداری خوراکی، رقیق‌کننده‌های خون و داروهای ضد افسردگی خاص شود.
 خوردن یک مکمل بدون توجه به بهداشت خواب
اگر متوجه شدید که خوب نمی‌خوابید، روی آوردن به ملاتونین نباید اولین انتخاب شما باشد. ابتدا چیزهایی را امتحان کنید که مستلزم مصرف هیچ قرصی نیستند. می‌توانید در برنامه‌های روزمره خود تغییراتی ایجاد کنید که به افزایش سطح ملاتونین طبیعی بدن کمک می‌کند. نور شدید تولید آن را سرکوب می‌کند، بنابراین کم کردن نور چند ساعت قبل از خواب کمک می‌کند.
 فکر کردن به ملاتونین باعث خواب‌آلودگی می‌شود
رایج‌ترین تصور غلط در مورد ملاتونین است. برخلاف بسیاری از قرص‌های خواب‌آور تجویزی، یک آرام‌بخش نیست. با سیگنال دادن به بدن که شب است و چرخه‌های طبیعی خواب و بیداری بدن را تشویق می‌کند تا به خواب بروید.
 امتحان ملاتونین در نیمه شب
ممکن است وسوسه‌انگیز باشد که وقتی از خواب بیدار می‌شویم و نمی‌توانیم دوباره بخوابیم آن را مصرف کنیم، اما این زمان‌بندی بی‌اثر است زیرا سطوح هورمون ملاتونین طبیعی ما در حال حاضر در بالاترین حد است.
 استفاده از ملاتونین هر روز
ملاتونین مگر اینکه توسط پزشک تجویز شود، در غیر اینصورت فقط باید برای مشکلات موقتی به خواب رفتن استفاده شود.
استفاده طولانی‌مدت معمولاً توصیه نمی‌شود، و می‌تواند خطر عوارض جانبی را بدون حل علت اصلی مشکلات خواب افزایش دهد.
 افزایش دوز در صورت عدم تاثیر آن
بیشتر لزوماً بهتر نیست. درست مانند استفاده طولانی‌مدت روزانه، دوزهای بالا می‌تواند خطر عوارض جانبی را افزایش دهد. اگر با دوزهای پایین‌تر به نتیجه نرسیدید، باید با پزشک صحبت کنید تا مشخص شود که چه چیزی باعث مشکلات خواب شما می‌شود و یک برنامه درمانی موثرتر تعیین کنید.
 در دسترس قرار دادن آن
مردم همیشه مکمل‌های غذایی را دور از دسترس کودکان نگه نمی‌دارند و این یک اشتباه خطرناک است. تعداد زیادی از کودکان به دلیل مصرف بیش از حد ملاتونین در اتاق‌های اورژانس تحت درمان و بستری شدن در بیمارستان قرار گرفته‌اند و تعداد کمی نیز جان خود را از دست داده‌اند.